Identification des biomarqueurs de la Tolérance et du rejet

Report
Données Informatisées et VAlidées en Transplantation
Magali Giral
[email protected]
Sophie Brouard [email protected]
A propos d’un exemple de biocollection à
visée de recherche non interventionnelle
La DIVAT-Biocol
DIVAT
Données Informatisées et VAlidées en Transplantation
Plan
1. Introduction: La cohorte DIVAT
1. La biocollection DIVAT
3. A propos d’un exemple : identification de
biomarqueurs de la tolérance et du rejet
chronique en greffe rénale
DIVAT
Données Informatisées et VAlidées en Transplantation
Introduction.1
www.divat.fr
BASE DE DONNEES depuis 1994
- 6 centres français de greffes de rein (n=16000, 800 greffes par an)
- 50% des greffes en France
- 300 items clinico-biologiques + suivi
- Contrat de consortium inter CHU
- Thésaurus commun
- Audits annuels des données saisies (<1% d’erreur)
Nantes
- Réunions scientifiques semestrielles (comité scientifique)
- Réunion technique annuelle ARCs (mise à jour du thésaurus)
Paris
Necker
Nancy
Lyon
BIOSTATISTIQUES équipe de Recherche EA4275 Biostatistique
V. Sébille Université de Nantes/Centaure
- modèle semi markovien/modèle de survie relative/ROC/Score
Toulouse
PROGRAMME SCIENTIFIQUE (U643)
- Etudes épidémiologiques et définition de profils de risque du devenir des
greffons et des patients
PARTENARIAT INDUSTRIEL :
- Roche > 1 M6
- IDBC/A2com
Montpellier
1994-2010
Données Informatisées et VAlidées en Transplantation
DIVAT-Biocol
 Appel d’offre du ministère de la recherche et de l’inserm
2002
 DIVAT-Biocol N°02 G 0555 notifiée le 12/11/2002
 Début en 2003 au CHU de Nantes en partenariat avec la
Tumorothèque située au CHU Nord
 Intégration au CRB du CHU de Nantes en 2011
Données Informatisées et VAlidées en Transplantation
DIVAT-Biocol
Collection échantillons de Sérum, plasma, mRNA, urines,
PBMC
 Patrimoniale de tous les patients greffés d’un rein ou
d’un rein pancréas au CHU de Nantes à J0, J6 mois, 1 an, 3
ans et 5 ans (2004-2009)
 J0 et à chaque ponction biopsie de greffon pour “cause”
ou “systématique” à 3 mois et 1 an depuis 2009
 Protocoles de Recherche Translationnelle (RNI)
DIVAT
Données Informatisées et VAlidées en Transplantation
TYPE DE PRÉLÈVEMENTS
DMSO SANG
SÉRUM
TRIZOL
URINE FRAICHE
PLASMA
PAXGENE
URINE
DIVAT-Biocol
NOMBRE DE
PRÉLÈVEMENTS
NOMBRE DE PATIENTS
16693
1398
10511
1513
6302
1298
3444
822
1719
527
1178
753
427
178
DIVAT
Données Informatisées et VAlidées en Transplantation
DIVAT-Biocol
Lien informatique des échantillons
Biologiques avec les données
cliniques et biologiques de la base
de données DIVAT
stockage
Données Informatisées et VAlidées en Transplantation
DIVAT-Biocol : Programme Scientifique
Identification de biomarqueurs pour le prognostic et l’aide à la
décision clinique
Clinic
Fort risque échec
Suivi plus attentif et adaptation
du traitement immunosuppresseur
Rejet chronique
Bench
Faible risque échec
Réduction des immunosuppresseurs
Tolérance
Identification des biomarqueurs de la
Tolérance et du rejet chronique (ABM 2002)
DIVAT
Données Informatisées et VAlidées en Transplantation
TREATMENT WITHDRAWAL
350
Créatinemia µmol/L
300
250
200
150
*
100
50
0
-2
-1
1
2
3
4
5
6
years
Sta
CR
10 Patients présentants une fonction rénale stable sans immunosuppression depuis
plus de 1 an.
7
DIVAT
Données Informatisées et VAlidées en Transplantation
Identification des biomarqueurs de la
Tolérance et du rejet chronique (ABM 2002)
Brouard S. et al. Proc Natl Acad Sci 2007
Blood
Analysis
30,000 DNA spots
12,440 genes
RNA extraction
SAM
(vs CR)
Reverse transcription
PAM
DIVAT
Données Informatisées et VAlidées en Transplantation
Identification des biomarqueurs de la
Tolérance et du rejet chronique (ABM 2002)
Profile Transcriptionnel du sang de receveurs de greffe rénale tolérants
ou en Rejet chronique
Training set
5
Tolerant
recipients
Healthy
individuals
16
Brouard et al. Proc Natl Acad Sci 2007
75 patients-16 volontaires sains
Test group
Training group
Chronic
rejection
11
49-gene predictive
signature
Testing set
12 Tolerant
11 Chronic rejection
Correct classification in 22/23
CS
Bitherapy
TOL
DIVAT
Données Informatisées et VAlidées en Transplantation
N A ME
AUC
A KR 1 C 2
0.85
CDC2
0.86
CDH2
0.85
C H EC K 1
0.94
D EP D C 1
0.91
N CA P H
0.86
N R 2F 1
0.88
RBM 9
0.94
RGN
0.85
SP5
0.85
S P ON 1
0.86
Application clinique : Le Projet Genhomme
PHRC national 2003 (PI M. Giral)
0,8 < AUC < 0,9 : +++ excellent discrimination
144 stable patients depuis plus de
5 ans de greffe sous
immunosuppression au long cours
TOL
0.85
RC
S. Brouard. Transplant international 2011
GH160
GH178
GH157
GH223
GH176
GH154
GH219
GH237
GH153
GH218
GH175
GH152
GH217
GH233
GH151
GH216
GH169
GH150
GH214
GH232
GH148
GH213
GH168
GH145
GH212
GH231
GH144
GH211
GH167
GH143
GH209
GH229
GH141
GH208
GH166
GH140
GH207
GH228
GH139
GH206
GH165
GH138
GH205
GH227
GH137
GH204
GH226
GH136
0
GH203
0
GH135
0.2
GH202
0.2
GH134
0.4
GH201
0.4
GH133
0.6
GH199
0.6
GH132
0.8
GH197
0.8
GH131
1
GH129
1
GH196
0
GH195
0
GH127
0.2
GH194
0.2
GH126
0.4
GH193
0.4
GH125
0.6
GH191
0.6
GH123
0.8
GH183
0.8
GH119
1
GH182
GH055
GH053
GH052
GH051
1
GH180
GH117
GH116
GH112
GH050
GH048
GH047
GH046
GH045
GH044
GH040
GH038
GH036
GH035
GH034
GH032
GH031
GH030
GH029
GH027
GH026
GH025
GH023
GH022
GH018
GH017
GH014
GH013
GH011
GH010
GH009
GH006
GH005
GH004
GH002
GH001
Prediction of operational tolerance
Données Informatisées et VAlidées en Transplantation
GH111
GH110
GH105
GH104
GH103
GH102
GH101
GH099
GH096
GH094
GH093
GH092
GH091
GH090
GH089
GH087
GH086
GH085
GH083
GH080
GH079
GH075
GH073
GH072
GH071
GH070
GH069
GH066
GH065
GH064
GH063
GH062
GH056
Prediction of operational tolerance
DIVAT
Application clinique : Le Projet Genhomme
PHRC national 2003
144 patients stables sous Immunosuppression
Figure 4
DIVAT
Données Informatisées et VAlidées en Transplantation
Identification des biomarqueurs de la
Tolérance et du rejet chronique
Patients opérationnellement tolérants/Rejet Chronique
•n=27 patients opérationellement Tolérants.
•Inversion de la balance Teff/Treg
LT CD8+CD28-
•Un nombre plus élevé de lymphocytes B
Sang Périphérique
*
90
80
70
60
50
40
30
20
10
0
TOL
- Louis et al. Transplantation 2006
- Pallier et al. Kidney Int 2010
- Sagoo et al. J. Clin. Invest 2010
- Baeten et al. JASN 2006
- Louis et al. Transplantation 2006
- Braudeau et al. Transplant. Int 2007
CR
DIVAT
Données Informatisées et VAlidées en Transplantation
Brevets issus de la Recherche sur les
Biomarqueurs Tolérance / Rejet Chronique
- "Diagnostic of immune graft tolerance"
TcTol patent (Provisional Patent Application Serial No. 05291215.1, INSERM)
Sophie Brouard, Jean-Paul Soulillou, Dominique Baeten, Christophe Braud, Magali Giral,
Jean Léger. 7 June 2005
- "TRIB-1 and diagnostic of chronic rejection in human kidney transplantation"
INSERM/TcLand (Provisional Patent Application Serial No. 60/808, 122, INSERM)
Sophie Brouard, Jean Paul Soulillou, Joanna Ashton-Chess. 25 May 2006
- "Diagnostic of immune graft tolerance using a set of 8 genes"
TcTol patent (Provisional Patent Application Serial No. EP 66915 D 24371, INSERM)
Sophie Brouard, Jean-Paul Soulillou, Marina Guillet, Magali Giral. 20 June 2007
- "SMILE and Diagnostic of tolerance"
INSERM/TcLand (Provisional Patent Application Serial No. 67/144, INSERM)
Sophie Brouard, Jean Paul Soulillou, Joanna Ashton-Chess, Magali Giral, Maud Racapé. 25
July 2007
-“PSMB10, a marker of chronic rejection”
INSERM/TcLand (Provisional Patent Application Serial, INSERM)
Sophie Brouard, Jean Paul Soulillou, Joanna Ashton-Chess, Magali Giral, Voya Jovanovic.
14 November 2007
Validation des Biomarkers DE LA TOLERANCE :
PHRC weaning 2010 (PI M.Giral)
Données Informatisées et VAlidées en Transplantation
ETUDE RANDOMISEE en DOUBLE
AVEUGLE
100
1/3
n = 53
75
1/3
50
CNI dose
n = 53
1/3
Arrêt du
Tacrolimus l
25
0
0
Monotherapy cellcept +/-CS
6
Transplantation
> 4 years
D0
BIOCOLLECTION
12
18 months
DIVAT
Données Informatisées et VAlidées en Transplantation
Validation des biomarqueurs DU REJET
CHRONIQUE : Le Projet VALBIO 12 (DGOS
2008/Région 2009/Centaure 2010)
VALIDATION des marqueurs sanguins du rejet chronique sur la biopsie systématique à 1 an
Greffe






625 Patients
CENTAURE (Nantes, Lyon, Necker)
DIVAT-Biocol
CIC (Inserm Investigation Centre)
Tcland expression/ plateforme CIMNA
DGOS/Inserm 2008
1 an
 Biopsies des greffons
 Trizol/Paxgene/Serum/DMSO
 RT-PCR 60 gene
- TRIB1
- TLR4
- Granzyme
- SMB10
-T-BET
J Ashton chess ,
JASN 2008, Kid. Int.
2010
 HLA-Ab (Luminex)
Données Informatisées et VAlidées en Transplantation
Extension de la DIVAT-Biocol au réseau
CENTAURE (Contrat de collaboration)
Necker
 Collection prospective
depuis 2011
- Serum
- Plasma
- mRNA (Pax gene, Trizol)
 Protocole Val Bio 12
Nantes
n=462/year
Lyon
Données Informatisées et VAlidées en Transplantation
TcLandscape
Miqueu et al., european J Immunol 2010
-1
Vers un score immunologique de suivi des
greffons après validation des BIOMARKERS
Phenotype
Q-PCR
Baeten et al., 2006
Louis et al., 2006
Braudeau et al., 2007
Braud et al., 2007
Sivozhelezov et al. 2007
Brouard et al., 2007
Ashton chess 2008, 2010
Risque de rejet
Majoration du traitement et du suivi
Clinical parameters
Hourmant et al., 2005
Tolerance potentielle
0
+1
Réduction progressive des IS
DIVAT
Données Informatisées et VAlidées en Transplantation
Le KTFS : un score clinique prédictif de la
survie des greffons
Y. Foucher et al., Kidney Int. 2010 (Brevet, dépôt CHU 2012)
Patients : COHORTE DIVAT multicentrique 1996-2006
Méthode : Time-dependent Receiver Operator Characteristic (ROC) curves
AUC 0.77
7%
30%
DIVAT
Données Informatisées et VAlidées en Transplantation
TELEGRAFT
PHRC 2011 national 2011 (PI A. Meurette)
TELEGRAFT = PHRC national 2011 basé sur le KTFS (1)
Consultation par Visio conférence
Via clé USB (Brevet CHU)
Domicile du
Patient
Visio-conference
Randomisation
DIVAT/INTEGRALIS
CONSULTATION
STANDARD
CS
700
Patients
Réseau
DIVAT
Calcul du score
KTFS
Low Risk
KTFS< 4,17
High Risk
KTFS>4,17
TELECONSULTATION
TC
Novartis = 85000 euros
Calcul du score KTFS
Low Risk
KTFS< 4,17
High Risk
KTFS>4,17
Collaboration équipe Biostatistique EA4275 :
- Angélique Bonnaud Antignac = Analyse de qualité de vie
- Philippe Tessier = Analyse médico-économique
- Yohann Foucher = Analyse de survie
Budget PHRC 522000 euros
Soutien ARS = équipement visio conférence
CONCLUSION
DIVAT-BIOSTAT
Biostatistique Université
Recherche
méthodologique
et épidémiologique
Score de prédiction du
Risque d’échec de greffe
Etude medico éco.
Etude de qualité de vie
Etude de survie
ANR jeune chercheur
(PI. Y.Foucher)
Score clinique + biomarkers
PATIENTS Greffés
Soins courants
COHORTE DIVAT
DIVAT-BIOCOL (CRB)
Recherche translationnelle
(équipe S. Brouard U643)
Identificationde biomarkers
ABM 2002, PHRC 2003,
PHRC 2005
PHRC 2011 Télégraft
Protocoles.Thérapeut.
PHRC 2010 weaning
Protocoles.Thérapeut.
Amélioration du
Score de prédiction
Intégration des
biomarkers : KTFS 2
Validation
des Biomarkers
DHOS inserm 2008
Région 2008
Centaure 2010
Projet Labex M. IGO 2012
Projet Labex Transplantex 2012
FP7 2012

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