講習会のパワーポイントスライド

Report
日本育種学会 第126回講演会
2014年秋季
南九州大学
「遺伝研スパコンとコマンドラインでの
NGSデータ使い倒し講座」
コマンドラインを用いたNGS解析
9月26日(金) 13:30~17:30 第6会場
小林 正明(明治大・農),門田 有希(岡山大・
院環境生命科学),大柳 一(明治大・農)
解析実習の流れ
1.リード配列の前処理(今回は行いません)
2.リード配列のマッピング
3.マッピングの可視化
3.リード配列のde novo アセンブル
BWAを使ったマッピングの流れ
リファレンスゲノム配列
(FASTA形式)
bwa index
リファレンスゲノム配
列のインデックス
(.sa, .pac, .bwt, .an
n, .ambファイル)
マッピング結果
(SAM形式)
リード配列
(FASTQ形式)
bwa aln
アライメントデータ
(*.saiファイル)
bwa sampe
Velvetを使ったde novo アセン
ブルの流れ
リード配列
(FASTQ形式)
$ velveth
k-merに分割された
リード配列
$ velvetg
Contig 配列
(FASTA形式)
参考URL
課題URL
http://bioinf.mind.meiji.ac.jp/kyusyu/
遺伝研スパコン
http://sc.ddbj.nig.ac.jp

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