Сериновые протеазы

Report
Сериновые протеазы
Ковалентный катализ
Сериновые протеазы
• В активном центре остаток Ser
• Система переноса заряда Ser …His …Asp
• Ковалентный механизм катализа, нуклеофил —
O боковой цепи Ser
• Необратимо ингибируются:
- диизопропилфторфосфатом (DFP)
- фенилметансульфонилфторидом (PMSF)
- хлорметилкетонами
Каталитическая триада
•
•
•
•
•
His-Asp-Ser Химотрипсин
Asp-His-Ser Субтилизин
Ser-Asp-His Карбоксипептидаза Y
Ser-His-Asp Clp-протеаза
«нестандартные» сериновые протеазы
Ser-Lys
Ser-His-Glu
Ser-His
Трехмерная структура
• «Внешний вид»
α-химотрипсина
Трехмерная структура
• Схема трехмерной
структуры
α-химотрипсина
• Выделены остатки
каталитической триады
Ser195
His57
Asp102
• и фрагмент пептидного
субстрата
Каталитическая триада
+
+
++
оксианионная
впадина
Субстрат-связывающий
участок: карман S1
• Трипсин: Asp189,
Gly216,Gly226
• Химотрипсин:
Ser189
• Эластаза:
Val216, Thr226
• Гранзим B
Arg226
Активация профермента
• Отрезается 15 остатков
с N-конца
• «Домен активации»:
142-152
184-193
216-223
меняет форму
• Образуется солевой
мостик
Ile16…Asp194
• Формируется
субстрат-связывающий
участок
Активация профермента
• Отрезается 15 остатков
с N-конца
• «Домен активации»:
142-152
184-193
216-223
меняет форму
• Образуется солевой
мостик
Ile16…Asp194
• Формируется
субстрат-связывающий
участок
Механизм ковалентного катализа
первый
тетраэдрический
аддукт
второй
тетраэдрический
аддукт
ацил-фермент
Каталитический акт: накануне
Тетраэдрический аддукт
ацил-фермент
• Нуклеофил —
молекула воды
Второй тетраэдрический аддукт
• Расщепляется
с образованием
продуктов
реакции
Ацил-фермент можно наблюдать
экспериментально
• Светлый контур – pH 2
• Розовый контур – pH 10

similar documents