NIFTY * nieinwazyjny test prenatalny wykorzystuj*cy - Gyn-Care

Report
NIFTY – nieinwazyjny test prenatalny
wykorzystujący sekwencjonowanie
nowej generacji
Wstęp
Podstawy metody
Badania walidacyjne
Workflow
Praktyka kliniczna
Wstęp
Podstawy metody
Badania walidacyjne
Obieg informacji (workflow)
Praktyka kliniczna
Najczęściej występujące aneuploidie płodowe
Zespół
Downa
Zespół
Edwardsa
Zespół
Patau
• Trisomia 21 (1/700-750)
• 80% osób osiąga wiek dojrzały
• Trisomia 18 (1/6000)
• <10% osiąga < 1 rok życia
• Trisomia 13 (1/10000-20000)
• Większość umiera zaraz po urodzeniu
Others: Turner syndrome (XO), Klinefelter syndrome (XXY), triple X syndrome (XXX), etc.
Zachorowalność na zespół Downa
Maternal
age
T21 risk
<30
1/1000
30
1/900
35
1/400
36
1/300
37
1/230
38
1/180
39
1/135
40
1/106
42
1/60
44
1/35
Znacząco wzrasta wraz z wiekiem matki po 35
46
1/20
48
1/16
Nie ma znaczenia rasa, kraj pochodzenia, czy styl życia
49
1/12
Tradycyjne badania/testy przesiewowe i diagnostyczne
Inwazyjnie /
nieinwazyjnie
Wiek ciąży
(tygodnie)
Wskaźnik wykrywalności/
ryzyko
Badania
Badania biochemiczne
biochemiczne (I(I
trymestr)
trymestr)
Nieinwazyjne
11-13
65%-70% wskaźnik
wykrywalności*
Badania biochemiczne (II
trymestr)
Nieinwazyjne
15-19
69%-81% wskaźnik
wykrywalności*
Badanie USG - Ocena
Ocena przezierności karkowej
przezierności karkowej (NT)
(NT)
Nieinwazyjne
11-13
64%-70% wskaźnik
wykrywalności*
Test zintegrowany
Test zintegrowany
Nieinwazyjne
11-13 & 1519
85%-88% wskaźnik
wykrywalności*
Test zintegrowany + NT
Nieinwazyjne
11-13 & 1519
94%-96% wskaźnik
wykrywalności*
Amniopunkcja
Amniopunkcja
Inwazyjne
16-21
0.5-1% ryzyko poronienia
Biopsja Kosmówki (CVS)
Biopsja kosmówki (CVS)
Inwazyjne
10-13
1-2% ryzyko poronienia
Kardocenteza (PUBS)
Kardocenteza (PUBS)
Inwazyjne
18-24
1-2% ryzyko poroniania
Typ testu / Metoda badania
* Dane reprezentujące 5% wyników fałszywie dodatnich
Fergal D, Jacob A, et al. The New England Journal of Medicine, 2005
Badania przesiowe
• Biochemia; USG
• Nieiwazyjne
• Tanie
• Mniej dokładne
• Niższy wskaźnik
wykrywalności
• Wysoki wskaźniki wyników
fałszywie dodatnich
Badania diagnostyczne
• Kariotypowanie
• Inwazyjne
• Drogie
• Wysoka dokładność
• Wysoki wskaźnik
wykrywalności
• Niski wskaźnik wyników
fałszywie dodatnich
Kiedy NIFTY?
Od 12
tygodnia
ciąży
Nawracające
poronienia
lub IVF
NIFTY
Przeciwskaza
nia do
wykonania
testu
inwazyjnego
Kobiety w
zaawansowa
nym wieku
lub z grupy
wysokiego
ryzyka
Odmowa
wykonania
testów
inwazyjnych
NIFTY przeciwskazania
Wykryte zrównoważone translokacje i niski poziom mozaicyzmu
Kobieta w ciąży jest nosicielem chromosomalnej aneuploidii
Jeśli któryś z rodziców ma nieprawidłowości chromosomowe
na przykład duplikacje, delecji, translokacje itp.
Jeśli kobieta w ciąży została poddana
- terapii komórkami macierzystymi,
- transfuzji krwi (w okresie do 6 miesięcy przed zajściem w ciążę)
- przeszczepowi narządu
to istnieje ryzyko, że wynik będzie zafałszowany obcym DNA
Co to jest NIFTY ?
Non-Invasive Fetal TrisomY
Bardzo dokładny test przesiewowy
Wysoki współczynnik detekcji i niski odsetek wyników
fałszywie dodatnich
Nieinwazyjna metoda oparta na NGS i analizie
bioinformatycznej
Badanie płodowego DNA znajdującego się we krwi
matki
Ocenia ryzyko wystąpienia trisomii 21, 18 i 13
Charakterystyka NIFTY
Nowe technologie wykrywania w oparciu o NGS;
Czułość i swoistość> 99%
Dokładny
Bezpieczny
Szybki
Optymalizacja
Prosty
Brak ryzyka zakażenia
wewnątrzmacicznego i poronienia
Ryzyko trisomii płodu można ocenić
już od 12 tygodnia ciąży
Można uniknąć wykonywania badań
inwazyjnych, gdy nie jest konieczne
Potrzebne jest tylko 10 ml krwi
obwodowej
An introduction
Podstawy metody
Clinical validation
Workflow
Clinical practice
Odkrycie naukowe
Charakterystyka płodowego wolnego DNA
we krwi matki
• Krótkie fragmenty 145-200bp, pochodzące z trofoblastu
• Można wykryć już od 5 tygodnia ciąży.
• Zanika zaraz po porodzie.
NGS – next generation sequencing
1. incorporation
C
C
1. Incorporation
2. Elute and scan
3. Cleavage
C
C
T
A
G
1. Incorporation
2. Elute and scan
T
A
G
ANALIZA BIOINFORMATYCZNA
Prawdopodobieństwo wystąpienia trisomii
Analiza
statystyczna
Zdrowy płód
Trisomia 21
Wstęp
Postawy metody
Badania kliniczne
Workflow
Praktyka kliniczna
Wiarygodne i dokładne wyniki
Double blind validation study in 3464
singleton pregnancies
T21
T18
T13
NIFTY positive
189
64
10
Karyotyping positive
188
63
10
False positive No.
1*
1*
0
False Negative No.
0
0
0
Detection Rate
100.00%
100.00%
100.00%
False Positive Rate
0.03%
0.029%
0.00%
Positive Predictive Rate
99.49%
98.44%
100.00%
Specificity
99.97%
99.97%
100%
False Negative Rate
0.00%
0.00%
0.00%
Lau, T.K., et al., Clinical utility of noninvasive fetal trisomy (NIFTY) test--early experience.
J Matern Fetal Neonatal Med, 2012. 25 (10): p. 1856-9.
NIFTY test in 11,105 singleton pregnancies in real clinical setting
Positive Results
No. of
cases
T21
T18
T13
Negative
results
NIFTY
11,105
140
42
0
10915
Karyotyping
182 + 2818
139
41
0
2818
False positive rate
0.03%
0.03%
n/a
False negative rate
0%
0%
n/a
Detection rate
100%
100%
n/a
Specificity
99.6%
99.6%
n/a
Dan, S., et al., Clinical application of massively parallel sequencing-based prenatal noninvasive fetal trisomy
test for trisomies 21 and 18 in 11 105 pregnancies with mixed risk factors. Prenat Diagn, 2012: p. 1-8.
OPUBLIKOWANIE WYNIKI BADAŃ ZWIĄZANE Z TESTEM NIFTY
Clinical application of massively parallel sequencing-based prenatal noninvasive fetal
trisomy test for trisomies 21 and 18 in 11 105 pregnancies with mixed risk factors.
(Prenatal Diagnosis 2012)
Noninvasive prenatal diagnosis of common fetal chromosomal aneuploidies by
maternal plasma DNA sequencing (Journal of Maternal-Fetal and Neonatal
Medicine, 2012)
Prenatal Detection of Aneuploidy and Imbalanced Chromosomal Arrangements by
Massively Parallel Sequencing (PLoS ONE, 2012)
Clinical utility of Non-Invasive Fetal Trisomy (NIFTY) test – Early experience (The
Journal of Maternal-Fetal and Neonatal Medicine)
Noninvasive prenatal genetic testing for fetal aneuploidy detects maternal trisomy X.
(Prenatal Diagnosis)
PUBLIKACJE DOSTĘPNE DO POBRANIA NA STRONIE:
http://www.test-nifty.com.pl/dla-lekarzy/edukacja-medyczna/
Przykłady
T21 może zostać pominięte przy
zastosowaniu tradycyjnego testu
przesiewego
Sample ID: PDP10003761
Age: 31
Screening test: 1/510(Low risk)
NIFTY: T21
Karyotyping: 47, XX, +21
20
Możliwość określenia innych rzadkich trisomii
T9
Sample ID: PDB11AJ00026
Age: 41
NIFTY: T9
Karyotyping: T9
Możliwość określenia innych rzadkich trisomii
T16
Sample ID: PDB11AJ00783
Age: 30
NIFTY: T16
FISH: T16
Wstęp
Podstawy metody
Badania walidacyjne
Obieg informacji (workflow)
Praktyka kliczna
Test workflow
Szpital/Klinika/Gabinet
Porada przed
testem
Pobranie krwi
Centrum dystrybucji próbek
Oznaczenie
próbek
Przygotowanie
osocza
Porada po
badaniu
Laboratorium kliniczne BGI: 10 dni roboczych
Badania
laboratoryjne
Analiza
bioinformatyczna
Dostarczenie
raportu
Wstęp
Podstawy metody
Badania walidacyjne
Workflow
Praktyka kliniczna
Raport
Wynik testu genetycznego
Niskie ryzyko:
Wynik badania wskazuje, że
prawdopodobieństwo trisomii jest
niskie, brak szczególnych
rekomendacji, zalecamy rutynowe
badania kontrolne
Wysokie ryzyko:
Wynik badania wskazuje na wysokie
prawdopodobieństwo wystąpienia
trisomii. Rekomendujemy
wykonanie badań inwazyjnych
98% pacjentów
Inne rzadko występujące aneuploidie
Zaburzenia ilości innych chromosomów autosomalnych mogą być
wykryte. Nie są one jednak podane do wiadomości w standardowy
raporcie
Zaburzenia ilości chromosomów płciowych nie są podane w
standardowym raporcie, chyba że klinika/szpital/gabinet
wpsółpracujący z BGI ustalą to w osobnej umowie
Wyniki innych badań prenatalnych, takich jak testy biochemiczne i
USG należy rozważyć. Badanie diagnostyczne, takie jak amniopunkcja
/ kordocenteza jest sugerowane
Materiał do badań
Krew obwodowa matki
• 10 ml StreckTube
• Temperatura pokojowa
• Wyraźnie oznaczone (barcode)
• 72 godziny na dostarczenie do
centrum dystrybucji próbek
Podsumowanie
Nieinwazyjny
test
przesiewowy
• 10 ml krwi
obwodowej matki
• Brak ryzyka
wystąpienia
zakażenia
wewnątrzmacicznego czy
poronienia
Dokładność
Czas
• Czułość >99%
• Specyficzność
>99%
• 3 tygodnie od
momentu
pobrania
Wczesna
detekcja
• Od 12 tygodnia
ciąży

similar documents