(古林コメント) - iGEM 2007

Report
(古林コメント)
• macで保存したのでタイトルの位置などが
ズレてますが他は問題ありません.
• 枚数が多かったのでいくつかはアニメ化し
ました.
豊田より
ストーリーは是非アニメーションにしてい
ましましょう。
全体の色調は、深青-緑系できれいだと
思います。WEB色調でいえば、アクセント
色はオレンジですね。背景は白地のまま
かな?
物語
豊田より
ここでは、毬藻とは何かを説明しなきゃい
社団法人 農林水産技術情報協会
けません。毬藻の生態についてCMをつく
http://www.afftis.or.jp/index.html
る気持ちで。かわいらしい毬藻のキャラク
MARIMO
ターが欲しいところです。日本というオリジ
ナリティをうまく利用することも大事です。
豊田より
ここで、”Bacteria(単細胞生物) vs 藻
(群生生物)”なのか、”Bacteria 合体ロ
ボ!”なのか、”Marimoができるのはとて
も不思議、だから創って理解する”なの
か。。。何でもいいのですが、。とにかく
「起承転結」の「起承」をしっかり作りましょ
う。でないと、聴衆は(iGEMersは君達と
一緒で、特に)疲れているので寝てしまい
ます。
私たちのプロジェクトに必要なもの
●大腸菌同士の吸着
→鞭毛にヒスタグを挿入
●大腸菌の一か所への集合
→クオラムセンシング
豊田より
●大腸菌の集合体の大きさの制御
古林さんはここを2つの項目に纏められ
→AHLクエンチャー
るとの意見でしたよね。
タイトルも「私達の着眼点」「私達のアイデ
ア」という感じですね。次のスライドのアニ
二種類の大腸菌を設計
メとかぶせてもいいかもしれません。
DESIGN
Receiver
Sender
豊田より
回路を入れることで理解しやすくなるかと
思ったのですが、ちょっと口で説明するの
がもたついてましたので、回路は削って
元の通りでいきましょう。よりシンプルにこ
の4枚のスライドはアニメで纏めましょう。
Senderは常にヒスタグ付きの鞭毛が生えているのでニッケルイオンを仲
介して大腸菌同士が吸着します。
下部にある言葉は削る、もしくは単語の
Senderは常にAHLを生産します。
みで。
DESIGN
Senderが生産したAHLが届く範囲にいるReceiverはGFPを発現し、ヒスタ
グ付きの鞭毛を生やします。
DESIGN
ヒスタグ付きの鞭毛が生えたReceiverはニッケルイオンを仲介として
Senderの周りに吸着します。
DESIGN
ReceiverはaiiAを発現してAHLを分解します。
AHLが届く範囲が狭まり、鞭毛が生えるReceiverの数が制限され大腸菌
の集合体の大きさが制限されます。
豊田より
ここで、Designの小まとめとして、遺伝子
回路を説明しましょう。そして、AHL, Histag鞭毛, 金属イオン, aiiAについて簡単
にまとめましょう。
豊田より
ここで、発表の目次を入れるのを検討し
てもらえますか?見せる(魅せる)実験
データの比重にも寄りますが、とりあえず
目次を入れるとメリハリがつきます。
Quorum Sensing
methionine
Sender
metK
LuxI
S-adenosyl methionine
LuxI
3OC6HSL(AHL)
O
O
HN
O
O
pTet
豊田より
AHL
ここのアニメはだいぶわかりやすいです
が、いろんな説明が混ざってしまっていま
すので、ちゃんと順序をつけて話しをして、
Receiver
Lux
図の配置を決めましょう。(左→右、上→
Lux
R
R
下の配置の法則)
それから、遺伝子回路はこのスライドに
LuxR
GFP
必要ですか?
pTet
pLux
AHL quencher ~aiiA~
Sender
LuxI
pTet
AHL
O
O
HN
豊田より
ここも、遺伝子回路がこのスライドに必要
なのかが気になります。
aiiA
O
aiiA
O
Lacton circle
P cons.
aiiA inverter Receiver
LuxR
pTet
GFP
pLux
aiiA
cI inverter
豊田より
むしろ、ここはDesignの図をもってきて、
Low AHL conc.
High AHL conc.
どうやったら濃度感知を鋭敏にするか、と
いうアイデアだよね。
だから、実験のデータの重み(どのくらい
のデータが示せるのか)があまりないこと
も含めて、このスライドは後ろに回したほ
うがいいと思います。
Senderの数とGFP発現
Sender
Receiver
LuxR
LuxI
pTet
pLux
豊田より
ここは、回路は不要で、次のスライドと一
Sender(BW25113 or XL10G),
緒にして、実験方法と結果をそれぞれ1
Methionine (10mM or 0mM)
枚ずつにすべきだと思う。
pTet
Receiver
Sender:5×10^8~5×10
GFP
Senderの数とGFP発現
methionine
metK
Sender(BW25113 or XL10G),
Methionine (10mM or 0mM)
S-adenosyl methionine
LuxI
Receiver
Sender:5×10^8~5×10
3OC6HSL(AHL)
Methionine 0mM
Methionine
10mM
BW25113
5×10^4
5×10^4
XL10G
5×10^7
5×10^7
AHL synthesis
AHL synthesis
methionine
S-adenosyl methionine
3OC6HSL
O
metK
HO
N
LuxI, acyl-ACP
OH
N
O
O
C
HO
NH 2
S+
N
O
NH2
S
N
O
Receiver
HN
豊田より
O
O
これって、実験結果を受けた考察でつか
うスライドだよね。下部の試験管が、意味
Sender(BW25113 or XL10G), Methionine (10mM or 0mM)
不明で。。。
H2 N
Sender:5×10^8~5×10
O-
sensitive receiver
豊田より
これはグラフを示してもいいけど、梅野さ
んが言っていたように、余計なデータもあ
るし不備も気になるから、回路を示して、
絵で表現しましょう。グラフも絵としてしま
えば、フリーハンドでいいので。
sensitive receiver (we made)
豊田より
前の論文を踏まえて、3つ変異を作ろうと
したけど、(手間、金銭、ハンドリングとか
の理由で)2つ変異にトライした、とか説
明が必要です。それから、実験方法を説
明しましょう。
sensitive receiver (we made)
豊田より
実験結果と考察を説明できるように。
NG, OKはデータを見せないと聴衆は納
得できません。
sensitive receiver (we made)
sensitive
receiver test
second mLuxR
first mLuxR LuxR
実験条件をつらつらと
・Receiverの量をいくつに
したか
・AHLの量をどう増やして
いったか
豊田より
実験結果と考察を説明できるように。
NG, OKはデータを見せないと聴衆は納
得できません。
豊田より
ここに目次を再び。
Flagellin,FliC
Flagella
Flagellum
豊田より
この2枚のスライドは1枚で語れると思い
ます。
Graduate School of Frontier Biosciences, Osaka University
ナノ生体科学講座 プロトニックナノマシン研究室(難波研究室)
http://www.fbs.osaka-u.ac.jp/labo/09a.html
Flagellin,FliC
Salmonella typhimurium
豊田より
その上で、サルモネラの鞭毛を参考に、
大腸菌のfliCのアミノ酸残基に挿入位置
dispensable
を決めた、という話で。たぶん、サルモネ
indispensable
ラを知っている聴衆は多くないので、サル
モネラは軽い扱いでOKです。よく知って
いる人があとで質問してくるとは思います
プロトニックナノマシンプロジェクト,
ERATO
研究成果 (1)
が。
http://www.npn.jst.go.jp/index_jp.html
FliC-His
豊田より
ここは、遺伝子回路をつくる実験方法を
ちゃんと説明した方がいいのではないで
しょうか。
His-Tag
Beads adsorption
Beads
豊田より
どうやってFliC-Hisが機能発現しているか
をアッセイする方法を説明。
・Four of cobalt’s six coordination sites are occupied.
・The imidazole rings of histidine residues are able to occupy the
two remaining coordinate sites, resulting in protein binding.
Beads Adsorption
豊田より
ここは実験方法と結果を説明するスライド
にしなければいけないと思います。
Toxicity-Check
Ni2+
Co2+ :1μM-!?
10μM-!?
Co2+
100μM-!?
1mM-!?
Ni2+ :1μM-!?
10μM-!?
豊田より
100μM-!?
これは、以前Niありの培地でリング形成
1mM-!?
をやっていましたよね。微妙な結果でした
ので、ふせておいて、ちゃんとした実験が
あと1週間で可能であれば、後で追加す
る。
Sender or Receiver
Sender
Sender
豊田より
とりあえず、やった実験について方法と結
果をのせないと。それまでは、スライドは
AHL
ふせて、取って置きましょう。
+
Co2+
aggregated
Receiver aggregation
Sender
豊田より
とりあえず、やった実験について方法と結
果をのせないと。それまでは、スライドは
AHL
ふせて、取って置きましょう。
+
Co2+
aggregated
豊田より
ここに目次を再び。
Final-Construction 実験
1. 鞭毛間吸着テスト
豊田より
(senderとreceiver同士が吸着するか確認)
Final Constructionは、実験データが今
2. 有限確認テスト
のところないので、今の段階ではFuture
Workとして、スライドは1,2枚のみで紹
3. Marimo形成テスト
介しましょう。
来週発表までに間に合えば、そのときに
スライドを追加しましょう。
それと、最後のスライドに謝辞として、ス
ポンサー(会社、千葉大)を載せておきま
しょう。
RR
R
R
S
SS
Senderとreceiver
ばらばらのコロニーができる
S
Senderとreceiverを
それぞれ培養し、
receiverにsenderを1
滴加える
Senderとreceiver
くっついたコロニーができる
顕微鏡写真
+imidazol
顕微鏡写真
Non imidazol
Final-Construction 実験
1. 鞭毛間吸着テスト
(senderとreceiver同士が吸着するか確認)
2. 有限確認テスト
3. Marimo形成テスト
有限確認テスト
RR
R
R
Sender
S
SS
S
Senderとreceiverを
それぞれ培養する
Receiverを均一にまく
プレートの真ん中に
senderをスポットする
O/N
AHLを感じたreceiverは
GFPを発現している
Senderからの距離を変えて何箇所
からか菌をとる。
Co2+
まく
R
R
R
R
FliCを発現していない
R
RR
R
R
R
RR
FliCを発現している
FliCを発現していなかったreceiverは、ばらばらのコロニーを
作る。
FliCを発現していたreceiverは塊になったコロニーを作る。
Final-Construction 実験
1. 鞭毛間吸着テスト
(senderとreceiver同士が吸着するか確認)
2. 有限確認テスト
3. マリモ形成テスト
S
S
S
Receiver
O/N Culture
R
R
R
Co2+
R
R
R
R
R
R
S
S
S
Receiver
O/N Culture
R
R
R
Co2+
R
R
R
AHL
R
R
R
S
S
S
Receiver
O/N Culture
R
R
R
R
R
R
R
S
AHL
Co2+
S S
R
R
S
S
S
Receiver
O/N Culture
R
R
R
R SR
S S R
R
R R
R
AHL
Co2+
R
S
S
S
Receiver
O/N Culture
R
R
R
R SR
S S R
R
R R
R
AHL
Co2+
R
S
S
S
Receiver
O/N Culture
R
R
R SR
S S R
R
R R
R
R
Co2+
R
MARIMO!
AHL

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