Presentasi_Seminar_TA_Eva_10506065

Report
URUTAN NUKLEOTIDA DNA
MITOKONDRIA FRAGMEN D-LOOP PADA
JARINGAN DARI LAPISAN MESODERM
26 Mei 2010
Presentasi Seminar TA
slide 1 dari 16
• LATAR BELAKANG
• TINJAUAN PUSTAKA
• METODOLOGI PENELITIAN
• HASIL
• PEMBAHASAN
• KESIMPULAN
26 Mei 2010
Presentasi Seminar TA
slide 2 dari 16
• DNA mitokondria fragmen D-loop dapat digunakan
untuk keperluan analisis forensik
• Pada proses embriogenesis, terbentuk lapisan
embrionik, yaitu ektoderm, endoderm, dan
mesoderm yang akan terdiferensiasi menjadi
organ-organ tertentu
• Tujuan penelitian adalah mengetahui apakah ada
perubahan atau perbedaan urutan nukleotida
mtDNA fragmen D-loop pada jaringan psoas dan
diafragma yang berasal dari lapisan mesoderm
satu individu
26 Mei 2010
Presentasi Seminar TA
slide 3 dari 16
26 Mei 2010
Presentasi Seminar TA
slide 4 dari 16
• Karakteristik DNA mitokondria:
– diwariskan secara garis keturunan maternal
– memiliki laju mutasi 10-17 kali lebih cepat
dibandingkan DNA inti
– terdapat dalam jumlah kopi yang jauh lebih banyak
daripada molekul DNA inti
– memiliki daerah Displacement loop (D-loop) tingkat
polimorfisme tertinggi dan tingkat variasi terbesar
antara individu-individu yang tidak mempunyai
hubungan kekerabatan.
26 Mei 2010
Presentasi Seminar TA
slide 5 dari 16
Psoas
26 Mei 2010
Diafragma
Presentasi Seminar TA
slide 6 dari 16
• Lapisan mesoderm memegang
peranan fundamental dalam
pembentukan dan pengaturan sumbu
tubuh pada vertebrata serta pada
perkembangan berikutnya.
• Mesoderm akan membentuk organ
atau jaringan, di antaranya: tulang,
otot, sistem kardiovaskuker, sistem
reproduksi, sel darah, ginjal, dan
limfa.
26 Mei 2010
Presentasi Seminar TA
slide 7 dari 16
26 Mei 2010
Presentasi Seminar TA
slide 8 dari 16
• Metode untuk memvisualisasi hasil PCR
– Ada atau tidak adanya pita
– Ukuran pita dibandingkan dengan marker (misal
pUC19/Hinfl)
– Konsentrasi pita (berdasarkan intensitas pita)
• Komponen yang diperlukan:
– Gel agarosa
– Loading buffer
– Buffer TAE
– EtBr
26 Mei 2010
Presentasi Seminar TA
slide 9 dari 16
Hasil Elektroforesis Gel Agarosa
Marker
Kontrol Kontrol
pUC19 /HinfI
(+)
(-)
Psoas Diafragma
1419 pb
± 0,9
kb
517 pb
397 pb
214 pb
75 pb
26 Mei 2010
Presentasi Seminar TA
slide 10 dari 16
Elektroforegram sampel dengan Primer M1
Fenomena Heteroplasmi pada Sampel dengan Primer M1
T(16189)C
C(16168)T
26 Mei 2010
T(16172)C
Presentasi Seminar TA
A(16183)C T(16189)C
slide 11 dari 16
Elektroforegram sampel dengan Primer HV2R
Eva
T(152)C
26 Mei 2010
Presentasi Seminar TA
slide 12 dari 16
• Tidak ada perbedaan
urutan nukleotida antara
psoas dan diafragma
individu A
• Perbedaan urutan
nukleotida kedua sampel
dengan rCRS terdapat pada
tabel berikut ini
26 Mei 2010
No.
Posisi Mutasi
Jenis
Mutasi
1
C(16111)T
Substitusi
2
C(16168)T
Substitusi
3
T(16172)C
Substitusi
4
A(16183)C
Substitusi
5
T(16189)C
Substitusi
6
T(16519)C
Substitusi
7
A(73)G
Substitusi
8
T(152)C
Substitusi
9
C(253)T
Substitusi
10
T(310)TC
Insersi
Presentasi Seminar TA
slide 13 dari 16
• Mutasi T(16189)C yang menghasilkan
rangkaian poli-C.
• Pada hasil direct sequencing dengan primer
M1, daerah setelah poli-C tidak dapat
dibaca  elektroforegram bertumpuk.
• Hal ini menunjukkan adanya fenomena
heteroplasmi (Yuniarti, 2009).
• Daerah HV1 dan HV2 (D-loop) merupakan
‘hotspot’ untuk terjadinya heteroplasmi ini.
26 Mei 2010
Presentasi Seminar TA
slide 14 dari 16
• Hasil sesuai dengan yang diperoleh oleh Ngili
• Mutasi pada daerah non-pengode:
– tidak mengubah urutan asam amino dari
protein yang dikode (Dwiyanti, 2006)
– tidak mengubah fisiologi mitokondria atau
sel (Raifuddin, 2007)
• Jaringan-jaringan yang berasal dari lapisan
embrionik satu individu ada yang memiliki
urutan nukleotida yang sama dan ada pula
yang berbeda (Unwakoly, 2010)
• Kesamaan urutan nukleotida ini memberikan
keuntungan bagi analisis forensik
26 Mei 2010
Presentasi Seminar TA
slide 15 dari 16
• Urutan nukleotida antara psoas dan
diafragma yang berasal dari lapisan
mesoderm individu A adalah sama.
• Tidak ada perubahan urutan nukleotida
mtDNA D-loop pada saat embriogenesis
individu tertentu.
• Diperlukan penelitian lebih lanjut terhadap
individu-individu lain untuk mengetahui
apakah ada perubahan urutan nukleotida
mtDNA D-loop pada saat embriogenesis.
26 Mei 2010
Presentasi Seminar TA
slide 16 dari 16

similar documents